Home
BLIJF OP DE HOOGTE
Ontvang onze nieuwsbrief en digitale magazine
Uw adres wordt nooit aan derden doorgegeven.
Lees onze privacyverklaring.

     

ARTIKEL
Biomarkers met tientallen tegelijk lokaliseren
Download dit artikel als pdf
Is uw adres bekend, dan wordt de pdf meteen geopend, anders krijgt u een link toegestuurd.
Ook ontvangt u onze volgende nieuwsbrief.

Biomarkers met tientallen tegelijk lokaliseren

Een nieuwe technologie maakt het mogelijk om tegelijkertijd een groot aantal RNA- en/of eiwitmoleculen te identificeren en lokaliseren in een weefsel. Het Antoni van Leeuwenhoek is een van de drie centra wereldwijd die als eerste hierover beschikt. Om cellulaire processen goed te begrijpen is het niet alleen belangrijk om te weten welke eiwitten een rol spelen, maar ook waar ze precies gelokaliseerd zijn en in welke hoeveelheden.

Gerelateerde expertise

Om cellulaire processen goed te begrijpen is het niet alleen belangrijk om te weten welke eiwitten een rol spelen, maar ook waar ze precies gelokaliseerd zijn en in welke hoeveelheden. Dat geldt bijvoorbeeld ook voor onderzoek naar immuuntherapie bij kanker. Deze relatief nieuwe therapie blijkt in de praktijk bij sommige patiënten heel goed te werken, maar bij anderen juist helemaal niet. Voor onderzoekers is het nu de uitdaging om te ontdekken waar dat precies aan ligt. En het liefst ook een biomarker te vinden waarmee voor elke patiënt vooraf persoonlijk voorspeld kan worden of de behandeling zal aanslaan of niet. Daarom wordt er veel tumorweefsel van patiënten onderzocht op de aanwezigheid van verschillende eiwitten die mogelijk kunnen fungeren als biomarker. Daarbij is het niet alleen van belang is om te weten of het eiwit in het weefsel aanwezig is, maar ook om te onderscheiden of het in de tumorcellen zelf zit, of juist in de infiltrerende immuuncellen. De Digital Spatial Profiling (DSP)-technologie van NanoString Technologies biedt hiervoor een nieuwe oplossing. Eerste in Europa ‘GeoMx Digital Spatial Profiling’ kan meer dan veertig verschillende eiwitten of achthonderd verschillende mRNA-moleculen tegelijkertijd meten op één weefselpreparaat. “Het grote voordeel is dat je hierdoor veel minder materiaal nodig hebt. Uit een klein biopt kun je meestal geen veertig preparaten halen, maar hiermee kun je dus wel veertig biomarkers testen”, zegt Christian Blank, hoofd van de afdeling immunologie in het Antoni van Leeuwenhoek en hoogleraar hematologie en oncologie aan de Universiteit van Regensburg (Duitsland). Het Antoni van Leeuwenhoek beschikt sinds januari 2019 als eerste in Europa over een DSP-apparaat. Een van Blanks postdoctoraal onderzoekers, Trieu My Van, heeft het afgelopen jaar al ervaring opgedaan met een prototype op het hoofdkantoor van NanoString in Seattle en is nu coördinator voor implementatie van de nieuwe technologie. “We doen experimenten voor verschillende onderzoeksgroepen binnen het Antoni van Leeuwenhoek”, vertelt Van. De techniek De Digital Spatial Profiling-technologie maakt gebruik van anti- lichamen of RNA-moleculen die gelabeld zijn via een UV-gevoelige linker. Als label dient een kort stukje DNA met verschillende sequenties. Op het eerste gezicht lijkt de techniek een beetje omslachtig. In plaats van de labels direct zichtbaar te maken in het weefselpreparaat onder de microscoop, worden delen van het weefsel geselecteerd om daarvan de labels met UV-licht lost te koppelen en op te zuigen. Aansluitend is de analyse in een tweede apparaat, de nCounter (zie kaders). Kit Fuhrman, Field Application Scientist bij NanoString Technologies, legt uit: “Andere technieken maken de antilichamen wél direct zichtbaar, maar vaak is het probleem dat de fluorescente labels zo groot zijn, dat dat niet goed past. Vandaar dat wij een DNA-label gebruiken, die we pas in de volgende stap karakteriseren met behulp van fluorescente labels. Bovendien kunnen we zo de reactieomgeving beter controleren en wordt die niet verstoord door chemicaliën uit het weefselpreparaat.” Miljoenen spiegeltjes Hiertoe bevat de apparatuur een ingenieus staaltje techniek. Onder het weefselpreparaat zit een oppervlak dat bestaat uit duizenden microscopisch kleine spiegeltjes. Via de software kan bepaald worden welk deel van het weefsel via die spiegeltjes belicht moet worden om de labels los te koppelen voor analyse. “Het voordeel is dat het weefsel gewoon intact blijft, zodat je later eventueel nog andere analyses kan maken van hetzelfde preparaat”, zegt Van. “De techniek is bovendien heel snel en robuust, omdat er geen PCR of andersoortige amplificatiestap nodig is”, verklaart Linda Bosch, klinisch moleculair bioloog in opleiding bij de afdeling pathologie van het Antoni van Leeuwenhoek en coördinator voor de nCounter-technologie. Biomarkers voor effect immuuntherapie Blank heeft in november al de eerste DSP-resultaten gepubliceerd in een artikel in Nature Medicine (zie ook: bit.ly/LAB-nanostring ). Samen met collega’s deed hij onderzoek naar de behandeling van uitgezaaide melanomen met immuuntherapie voorafgaand aan de operatie, waarbij hij de DSP-techniek gebruikte om tumorbiopsies te onderzoeken op de aanwezigheid van negenentwintig verschillende biomarkers. Blank legt uit: “We wilden onderzoeken of we met deze biomarkers kunnen voorspellen welke patiënten wel en geen baat hebben bij deze therapie. Bij drie biomarkers zagen we een verband tussen een lage expressie van de eiwitten en een negatief resultaat van de behandeling. Tot nu toe hebben we dat alleen nog onderzocht in een groep van twintig patiënten, maar als dat in een grotere patiën- tengroep wordt bevestigd, dan kan het zinvol zijn om patiënten vooraf te testen op deze biomarkers, zodat we patiënten met een lage expressie een andere behandeling kunnen geven.”
MAXUS MEDIA
LABinsights.net LABinsights.de LABinsights.nl
Ontvang onze nieuwsbrief
Nieuwsbrief archief
Volg ons
Linked
MAGAZINE
Abonneren
SERVICE EN CONTACT flag