Home
BLIJF OP DE HOOGTE
Ontvang onze nieuwsbrief en digitale magazine
Uw adres wordt nooit aan derden doorgegeven.
Lees onze privacyverklaring.

     

ARTIKEL
Databank voor de patiŽnt van morgen
Download dit artikel als pdf
Is uw adres bekend, dan wordt de pdf meteen geopend, anders krijgt u een link toegestuurd.
Ook ontvangt u onze volgende nieuwsbrief.

Databank voor de patiŽnt van morgen

Hartwig Medical Foundation analyseert het complete genoom van patiŽnten met uitgezaaide tumoren. De stichting biedt daarmee ondersteuning aan onderzoekers en artsen die zoeken naar biomarkers voor de ontwikkeling en toepassing van personalized medicines. Nieuwe kankermedicijnen zoals immunotherapie en doelgerichte medicatie blijken in de praktijk gemiddeld bij slechts 20 tot 30 procent van de patiŽnten te werken. De rest ondergaat dus een zinloze behandeling met onnodig hoge kosten en bijwerkingen. Dit kan voorkomen worden als artsen vooraf met behulp van biomarkers op DNA-, RNA- of eiwitniveau zouden kunnen voorspellen welk medicijn het meest effectief is bij een specifieke patiŽnt, een idee dat ook wel bekend staat als Ďpersonalized medicineí. Hartwig Medical Foundation is nauw betrokken bij deze ontwikkeling.
Nieuwe kankermedicijnen zoals immunotherapie en doelgerichte medicatie blijken in de praktijk gemiddeld bij slechts 20 tot 30 procent van de patiŽnten te werken. De rest ondergaat dus een zinloze behandeling met onnodig hoge kosten en bijwerkingen. Dit kan voorkomen worden als artsen vooraf met behulp van biomarkers op DNA-, RNA- of eiwitniveau zouden kunnen voorspellen welk medicijn het meest effectief is bij een specifieke patiŽnt, een idee dat ook wel bekend staat als Ďpersonalized medicineí. Hartwig Medical Foundation is nauw betrokken bij deze ontwikkeling. De stichting bestaat sinds 2015 en komt voort uit het Center for Personalized Cancer Treatment (CPCT), dat zich sinds 2010 inzet om onderzoek te bevorderen naar gepersonaliseerde behandelingen van kanker. Hartwig Medical Foundation bouwt een grootschalige tumor-DNA database op en biedt daarmee onderzoekers de mogelijkheid om verbanden te leggen tussen genetische afwijkingen in uitgezaaide tumoren en het effect van de behandeling. Complete genomen Prof. dr. Edwin Cuppen, directeur wetenschap van Hartwig Medical Foundation, legt uit hoe dat in de praktijk in zijn werk gaat. ďIn het kader van een CPCT-studie worden bij een patiŽnt enkele biopten van een metastase afgenomen en een buisje bloed. Dit wordt opgestuurd naar ons lab. Daar hebben we hightech apparatuur waarmee we het genoom van de metastase kunnen sequencen en het bloed ter controle. Daarnaast bewaren we in de database gepseudonimiseerde gegevens over de patiŽnt, de behandeling en de behandelingsrespons. Onze stichting beheert en bouwt dus een databank en geen biobank.Ē Hartwig Medical Foundation bepaalt van al die monsters het complete genoom, in tegenstelling tot veel andere laboratoria, die alleen testen uitvoeren op een aantal losse genen. Cuppen legt uit: ďWij willen een stap verder gaan, omdat je met zulke beperktere testen eigenlijk alleen kijkt naar wat je al weet. Voor de behandeling van de patiŽnt van vandaag is het misschien niet altijd noodzakelijk om het hele genoom te sequencen. Maar voor verbetering van de zorg voor de patiŽnt van morgen is het wťl van groot belang. Door complete genomen te analyseren, hopen we nieuwe biomarkers te vinden voor de toekomst om daarmee beter behandelingen op maat te kunnen geven.Ē Terabytes aan data Om het complete genoom van al die monsters te kunnen sequencen, beschikt Hartwig Medical Foundation over een speciaal laboratorium op het Science Park in Amsterdam. Allereerst wordt door een aantal pipetteerrobots het DNA geÔsoleerd uit bloed en biopten van patiŽnten. Daarna wordt het DNA gesequencet in het naastgelegen lab. Hier staan niet minder dan 11 grote sequencers, tien HiSeqX apparaten en ťťn NovaSeq systeem van Illumina. DNA van bloedmonsters wordt dertig keer gesequencet, DNA van biopten zelfs drie keer zo vaak. ďEen biopt bevat vaak maar dertig tot zeventig procent tumorweefsel en daarnaast ook gezond weefsel. Door biopten in drievoud te sequencen kunnen we goed onderscheid maken tussen DNA van tumorweefsel en van gezond weefsel en hebben we voldoende data over van het genoom van de tumorĒ, legt Cuppen uit. Al met al levert dat een enorme hoeveelheid data op, ongeveer een halve terabyte per patiŽnt. Wekelijks wordt zo van 40 patiŽnten het genoom geanalyseerd. De database bevat ondertussen al gegevens van 3.000 verschillende patiŽnten: ďEn is daarmee de grootste database met whole genome sequencing data van gemetastaseerde tumoren ter wereld.Ē Van puntmutaties tot doelwit Na de analyse gaat een patiŽntrapport terug naar de arts die de monsters heeft aangeleverd. Hierin staat een overzicht van de verschillen tussen het genoom van de metastase en dat van het bloed van de patiŽnt. ďDat kan van alles zijnĒ, zegt Cuppen. ďSoms gaat het om puntmutaties waarbij ťťn letter is veranderd. Soms gaat het om hele genen die zijn verdwenen of juist enorm zijn geamplificeerd of zijn er structurele varianten waardoor fusiegenen ontstaan. Het aantal observaties varieert van enige honderden tot vele tienduizenden per metastase. Het idee is echter dat slechts een handvol daarvan bijdragen aan het ontstaan van de kanker.Ē Het wordt interessant als hier een verschil tussen zit waarvan bekend is dat dat precies een doelwit is van een medicijn. Dat wordt ook aangegeven in het rapport, zodat de arts in dat geval kan overwegen om dit medicijn voor te schrijven. Bij een experimenteel medicijn of toepassing buiten het voorgeschreven indicatiegebied, vraagt de arts de patiŽnt of deze zou willen meedoen aan een studie. Medicijnen voor een andere tumorsoort Hartwig Medical Foundation verzamelt niet alleen data, maar stelt die ook beschikbaar voor onderzoek. Onderzoekers uit de hele wereld die hiermee aan de slag willen gaan, kunnen hiervoor een aanvraag indienen. Tot nu toe zijn 30 van dergelijke verzoeken goedgekeurd. Een van de belangrijkste studies die gebruik maakt van de diensten van Hartwig Medical Foundation is de DRUP-studie. Deze studie is gericht op kankerpatiŽnten bij wie op basis van hun patiŽntrapport is vastgesteld dat de meta- stasen bepaalde genetische kenmerken hebben die het doelwit zijn van een specifiek medicament, dat eigenlijk geregistreerd staat voor een andere tumorsoort. ďOndertussen zijn 220 patiŽnten de behandeling gestart met 18 verschillende medicijnen. Als we kijken naar de initiŽle respons, dan zien we in bijna 40 procent van de gevallen een klinische respons, wat inhoudt dat de tumor stabiel is gebleven of zelfs kleiner is geworden. Als je bedenkt dat het gaat om patiŽnten die alle reguliere behandelingen al hebben gehad, dan is dit toch een heel mooi resultaatĒ, zegt Cuppen. 1000 dollar genoom? De bepaling van de DNA-volgorde van een compleet genoom, zoals Hartwig Medical Foundation doet, blijft voorlopig kostbaar. Het 1000 dollar genoom was jarenlang het ultieme doel voor ontwikkelaars van DNA-sequencers. Illumina claimde in 2014 dat ze met hun HiSeq X ten systeem de eerste waren die dit hadden bereikt met een dertigvoudige dekking, een dekking waarbij elk stukje DNA gemiddeld 30 keer is gesequencet. Die claim wordt nog wel betwist. ďHun berekening is heel optimistisch, waarbij bijvoorbeeld kosten van huisvesting en mankracht niet zijn meegenomen. Bij ons komen de kosten (met dezelfde apparatuur) meer in de richting van 1.500 dollar per genoomĒ, zegt Cuppen. Vorig jaar kondigde Illumina aan dat de kosten met de komst van de NovaSeq-systemen verder omlaag zouden gaan. Daarmee zou uiteindelijk zelfs het 100 dollar genoom in beeld komen. ďDat zouden wij natuurlijk fantastisch vindenĒ, zegt Cuppen. ďOf het ook gaat gebeuren, daar hebben wij weinig invloed op. Illumina heeft een dominante positie in deze markt. Maar onze verwachting is wel dat de prijzen de komende drie tot vijf jaar zullen halveren.Ē Dat zou uiteindelijk veel impact kunnen hebben op zijn eigen vakgebied, waar nu voor routinediagnostiek vanuit kostenoogpunt wordt gekozen voor een combinatie van losse genetische testen. ďHet zou mooi zijn als we voor hetzelfde geld whole genome sequencing kunnen doenĒ, besluit Cuppen.
MAXUS MEDIA
LABinsights.net LABinsights.de LABinsights.nl
Ontvang onze nieuwsbrief
Nieuwsbrief archief
Volg ons
Linked
MAGAZINE
Abonneren
SERVICE EN CONTACT flag